Quand on exerce en libéral, la liberté va de pair avec la rigueur. Qu’il s’agisse de remplir une déclaration 2035, de choisir son logiciel de facturation, ou simplement de conserver ses justificatifs, les soignants doivent respecter un certain nombre d’obligations comptables et fiscales. Or, ces règles varient légèrement selon que l’on est infirmier, kinésithérapeute, orthophoniste ou sage-femme. En 2025, avec l’arrivée progressive de la facturation électronique et la généralisation des échanges numériques avec les impôts, une mise à jour s’impose.
Voici un panorama clair et utile des principales obligations par profession.
Les obligations communes à toutes les professions de santé en libéral
Avant d’entrer dans les spécificités, il est important de rappeler que plusieurs obligations s’appliquent à tous les soignants libéraux :
- tenue d’une comptabilité de trésorerie (recettes/dépenses), via un logiciel ou un tableur respectant les exigences fiscales ;
- déclaration de revenus (2035 ou micro-BNC selon le régime choisi) ;
- adhésion à une association de gestion agréée (AGA) si vous êtes au régime réel, pour éviter une majoration de votre bénéfice imposable ;
- règlements uniquement par chèque, virement ou carte pour toute somme supérieure à 1 000 € ;
- conservation des pièces justificatives pendant 6 ans.
Et surtout, à compter de 2026 pour la plupart des professions, vous devrez émettre vos factures via une plateforme agréée compatible avec la facturation électronique (obligation progressive qui démarre dès 2025 pour certains seuils).
Infirmiers et infirmières libérales : attention aux frais spécifiques
Les IDEL doivent suivre un cadre particulier concernant :
- l’utilisation de leur véhicule personnel, dont les frais kilométriques peuvent être déduits sous certaines conditions ;
- la cotisation URSSAF spécifique, ainsi que les appels de cotisations à l’Ordre national infirmier ;
- le logiciel de télétransmission (Ex : Agathe, Vega…), qui doit pouvoir générer des justificatifs clairs et exploitables.
N’oubliez pas de bien distinguer les actes AMI, les majorations et les forfaits pour une comptabilité juste.
Kinésithérapeutes : le cas des actes mixtes
Les masseurs-kinésithérapeutes ont souvent une activité mixte (conventionnée et hors convention). Ce double statut implique :
- une ventilation rigoureuse des recettes entre actes remboursés et actes libres (rééducation, ostéopathie…) ;
- une vigilance sur la TVA : si votre chiffre d’affaires en actes non conventionnés dépasse certains seuils, vous pourriez y être assujetti ;
- la possibilité de frais professionnels élevés (matériel, salle de soins, formation continue), souvent mal estimés.
Orthophonistes : un suivi simple, mais structuré
Si vous êtes orthophoniste libéral·e, vous êtes en principe en régime micro-BNC ou au régime réel simplifié.
Vos obligations :
- tenue d’un livre de recettes journalier ;
- archivage des relevés de télétransmission Sesam-Vitale ;
- comptabilisation correcte des rétrocessions si vous êtes remplaçant·e ou en collaboration.
Point de vigilance en 2025 : les formations DPC sont parfois remboursées, parfois non. Il faut distinguer ce qui est remboursé de ce qui est une charge déductible.
Sages-femmes : charges multiples, organisation clé
Les sages-femmes doivent jongler avec plusieurs sources de revenus et charges :
- consultations prénatales, suivi gynéco, accouchements (parfois en plateau technique) ;
- frais liés aux assurances, au matériel médical et à la mobilité ;
- contributions sociales parfois complexes à anticiper (CARCDSF, URSSAF, etc.).
Une bonne comptabilité permet d’éviter les mauvaises surprises à la déclaration.
Comment rester à jour sans se noyer ?
Même si vous êtes rigoureux, il est souvent difficile de tout suivre. Réglementation, déductions fiscales, échéances URSSAF, documents à conserver : les erreurs coûtent cher, et les redressements fiscaux ne sont pas rares.
Pour vous simplifier la vie, il existe des structures spécialisées qui accompagnent uniquement les professions de santé libérales. C’est notamment le rôle d’Angiil, association de gestion des soignants libéraux, qui propose un suivi comptable, fiscal et administratif adapté à chaque profession.
Une année charnière pour se structurer
2025 est une année de transition vers toujours plus de numérique et de transparence fiscale. Que vous soyez installé·e depuis 10 ans ou fraîchement diplômé·e, vous avez tout intérêt à :
- anticiper la facturation électronique ;
- clarifier vos statuts (collaboration, titulaire, remplacement) ;
- optimiser vos frais déductibles ;
- vous faire accompagner par des spécialistes de votre métier.
Car si l’indépendance est une force, elle ne doit pas rimer avec solitude administrative.
